La dirección del Centro de Memoria, Paz y Reconciliación es la encargada, entre otras cosas, de gestionar la organización institucional y las modalidades para la operación y funcionamiento del Centro de Memoria, Paz y Reconciliación, y definir las líneas estratégicas de trabajo de manera participativa. El CMPR es un instrumento que promueve una cultura de paz y respeto por los derechos humanos a partir de la memoria y verdad histórica, que contribuye a la reconciliación y la profundización de la democracia a través de escenarios, herramientas y capacidades a favor de las víctimas y sus organizaciones, los colectivos y la ciudadanía en general para las expresiones a favor de la memoria. 

El CMPR apoya la construcción de dispositivos pedagógicos y de apropiación social de la memoria determinantes para la ciudad, que aportan al acercamiento de la escuela a temas de paz y reconciliación, a la reflexión y valoración de los lugares de memoria en la ciudad, a apoyar iniciativas particulares, y a promover espacios de sensibilización y debate a través del arte, la cultura, la pedagogía y la academia.